公開論文に紐づくシーケンスデータを探し、NCBIのSequence Read Archive（SRA）からFASTQ形式で取得します。
この例では、研究全体を表すBioProjectがPRJNA1062343、個別の実験がSRX23409400、実際にダウンロードするRunがSRR27743880です。fasterq-dumpにはRunのSRRアクセッションを指定します。
1. 論文からデータを選ぶ
例として、Nature Portfolioの次の論文を使います。
論文の「Data availability」には、16S rRNA遺伝子シーケンスの公開先としてBioProject PRJNA1062343が記載されています。
2. NCBI SRAで検索する
NCBI SRAを開き、検索欄へPRJNA1062343を入力して「Search」をクリックします。
3. ExperimentとRunを選ぶ
検索結果の一番上にあるExperiment SRX23409400を開きます。
SRX23409400：16S rRNA V4 of fermentation samples
Experimentの詳細にある「Runs」欄を確認すると、ダウンロード対象のRunはSRR27743880です。
- BioProject：
PRJNA1062343 - Experiment：
SRX23409400 - Run：
SRR27743880
4. fasterq-dumpでダウンロードする
fasterq-dumpはsra-toolsに含まれています。まだ利用できない場合は、conda環境を有効化したターミナルで初回のみインストールします。
conda install -c bioconda sra-toolsFASTQファイルを保存したいフォルダへ移動し、Runアクセッションを指定してダウンロードします。
fasterq-dump -p --split-files SRR27743880--split-filesを付けると、ペアエンドデータがForwardとReverseに分かれて保存されます。-pは処理の進捗を表示するオプションです。
fasterq-dumpの実行中は一時ファイルを作成するため、ダウンロードサイズより多くの空き容量が必要です。また、出力されるFASTQファイルはgzip圧縮されていません。
次のコマンドで、2つのFASTQファイルが作成されたことを確認します。
ls -lh SRR27743880_1.fastq SRR27743880_2.fastqSRR27743880_1.fastq：Forward readsSRR27743880_2.fastq：Reverse reads
SRR27743880_1.fastqとSRR27743880_2.fastqの2ファイルが表示されれば完了です。