Linuxコマンド

コマンドを入力し、Enterで実行 → Linux側から結果が表示されます。

基本ルール

コマンドの基本形

コマンドは、次のように「コマンド」「引数」「オプション」を組み合わせます。

コマンド 引数 オプション

たとえば、ls -l data/では、lsが一覧表示、-lが詳細表示、data/が対象フォルダです。

Step 1：現在地と一覧を確認する

pwdで現在地を表示する

pwdは、現在いるフォルダの場所を表示。

pwd

/home/r8user

この研修では、ホームディレクトリを/home/r8userとして示します。

lsでファイルとフォルダを確認する

lsは、現在いるフォルダの中身を一覧表示。

ls

表示されたファイルやフォルダを確認してください。出力内容は場所・環境ごとに異なります。

Step 2：フォルダを移動する

ホームディレクトリへ移動する

~ (チルダ)はホームディレクトリ(/home/<user名>)の省略形です。cd ~でホームへ移動し、続けてpwdで確認します。

cd ~
pwd

/home/r8user

引数を省略したcdも、ホームディレクトリへ移動する操作です。

作業用フォルダを作成する

mkdir workspaceでworkspaceフォルダを作成します。

mkdir workspace

Tab補完を使う

Tabキーを押すと、入力途中のファイル名やフォルダ名を自動で補完できます。候補が1つなら自動で補完され、複数ある場合はTabを2回押すと候補が表示されます。入力ミスを減らすため、以降の練習ではできるだけTab補完を使います。

フォルダ名を補完する

まずcd wまで入力し、Tabを押してください。workspaceへ補完されたら、Enterで実行します。

cd w

Step 3：フォルダを作成して移動する

練習用フォルダを作る

mkdirはフォルダを作成します。次のブロックを実行し、testが一覧に表示されることを確認します。

mkdir test
ls

作成したフォルダへ移動する

cd test
pwd

/home/r8user/workspace/test

cd ..で親フォルダへ戻る

..は1つ上の親フォルダ、.は現在のフォルダを表します。

cd ..
pwd

/home/r8user/workspace

練習用フォルダを削除する

rm -rはフォルダと中身を削除します。 -rは「再帰的に削除する」オプションで、フォルダの中身もまとめて削除します。 ファイル や 空のフォルダ なら、rm <name>でOK。

rm -r test
ls

応用：フォルダの階層を作る

次の構造を作って、フォルダを順番に移動します。

project/
├── data/
└── results/

1. projectを作る
2. projectへ移動する
3. dataとresultsを作る
4. それぞれへ移動してpwdで確認する

次の例では[TAB]がTabキーを押す場所です。コード全体を実行せず、1行ずつ入力して補完を確認します。

mkdir project
cd pro[TAB]
ls
mkdir data results
ls
cd da[TAB]
pwd
cd ..
cd re[TAB]
pwd

/home/r8user/workspace/project
/home/r8user/workspace/project/results

時間が余った人向け：階層構造を作る練習問題

ここまでの操作が早く終わった人向けの問題です。解答例を開く前に、cd、mkdir、pwd、lsを使って次の構造を作ってください。

suugaku/
├── bibun/
│   ├── mondai/
│   └── kaitou/
└── sekibun/
    ├── mondai/
    └── kaitou/
kokugo/
├── kobun/
└── kanji/
syakai/
└── rekishi/
rika/
└── kagaku/

1. ~/workspaceへ移動する
2. suugaku、kokugo、syakai、rikaを作る
3. suugakuの中にbibunとsekibunを作り、それぞれにmondaiとkaitouを作る
4. kokugo/kobun、kokugo/kanji、syakai/rekishi、rika/kagakuを作る
5. pwdとls -Rで現在地と構造を確認する

cd ~/workspace
mkdir suugaku kokugo syakai rika
mkdir suugaku/bibun suugaku/sekibun
mkdir suugaku/bibun/mondai suugaku/bibun/kaitou
mkdir suugaku/sekibun/mondai suugaku/sekibun/kaitou
mkdir kokugo/kobun kokugo/kanji
mkdir syakai/rekishi rika/kagaku
pwd
ls -R

パスの指定方法

現在地を確認(pwd)しながら、1行ずつ試します。

cd ./data        # 今いるフォルダの中のdataへ
cd ../data       # 一つ上のフォルダの中のdataへ
cd ~/workspace   # ホームのworkspaceへ

エラーへの対処法

エラーが出たらメッセージを読み、ファイル名・現在地・コマンドのスペルを確認してください。

No such file or directory

この場合は、名前の入力ミスや現在地の間違いが考えられます。pwdで現在地を確認し、Tab補完で名前を入力してください。

command not found

この場合は、コマンドのスペルや環境の有効化状態(condaなど。後述)を確認します。

実践：Qiime 2解析で使う操作

1. テキストファイルを作成して確認する

まず、練習用フォルダを作成します。作業フォルダがすでにある場合は、同じコマンドを何度も実行せず、表示されたエラーを確認してください。

cd ~/workspace
mkdir practice
cd practice

echoの出力を>でファイルへ書き込みます。

echo "Hello, Qiime2!" > sample.txt

cat sample.txt

Hello, Qiime2!

2. lessで大きなファイルを読む

seqで1から1000までの数字を作り、lessで閲覧します。

seq 1 1000 > numbers.txt

less numbers.txt

lessの画面では、↓またはSpaceで下へ進み、↑またはbで上へ戻ります。/500のように入力すると検索でき、qで終了します。

3. 変数を使う

QIIME 2では、プライマー配列などを変数に保存してコマンドで使うことがあります。変数名と=の間にはスペースを入れません。

MY_PRIMER='ATCGATCG'
echo $MY_PRIMER

ATCGATCG

ForwardとReverseのプライマーをそれぞれ変数に設定します。

FWD='CCTACGGGNGGCWGCAG'
REV='GACTACHVGGGTATCTAATCC'
echo $FWD
echo $REV

変数をファイルへ保存すると、後でcatやgrepで確認できます。

printf 'forward\t%s\nreverse\t%s\n' "$FWD" "$REV" > primer.txt
cat primer.txt

ここで作るprimer.txtには、forwardとreverseの名前と配列が入ります。後の検索練習でも、この実在するファイルを使います。

4. ファイルをコピー・移動する

cp sample.txt sample_backup.txt
ls

sample_backup.txtが作成されたことを確認します。

mv sample_backup.txt renamed.txt
ls

sample_backup.txtがなくなり、renamed.txtができたことを確認します。

5. wgetでファイルをダウンロードする

wgetはURLからファイルをダウンロードするコマンドです。ここでは教材のLinuxコマンド原稿をdownloaded-linux-commands.mdという名前で保存し、保存先を確認します。

wget -O downloaded-linux-commands.md https://raw.githubusercontent.com/Yokohide0317/2025_BI-Zissen/refs/heads/main/01_Linux%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89.md
ls -lh downloaded-linux-commands.md

ダウンロードしたファイルとは別に、先ほど作成したprimer.txtを表示します。ファイル名を取り違えないように注意してください。

cat primer.txt

6. grepでファイル内を検索する

grepは、ファイルに含まれる文字列を検索します。まずForwardプライマーの一部を検索します。

grep "CCTACGGG" primer.txt

次に-wを付け、単語としてforwardを検索します。

grep -w "forward" primer.txt

実践課題：Qiime 2解析の準備

次の課題では、解析で使うフォルダとメタデータの形を練習します。

1. qiime_analysis/フォルダを作る
2. data/とresults/を作る
3. data/でForward・Reverseプライマーを設定する
4. metadata.txtを作る
5. 作成したファイルをresults/へコピーする
6. qiime_analysis/へ戻って構造を確認する

cd ~/workspace
mkdir qiime_analysis
cd qiime_analysis
mkdir data results
cd data
FWD='CCTACGGGNGGCWGCAG'
REV='GACTACHVGGGTATCTAATCC'
echo $FWD > primer.txt
echo $REV >> primer.txt
echo "sample-id,treatment" > metadata.txt
echo "sample1,control" >> metadata.txt
echo "sample2,treatment" >> metadata.txt
cp primer.txt ../results/
cp metadata.txt ../results/
cd ..
ls -R

ls -Rの出力にdata/primer.txt、data/metadata.txt、results/primer.txt、results/metadata.txtがあれば完了です。

コマンドのまとめ

トラブルシューティング・応用実習

ファイルの権限を確認する

catでファイルを読めないときは、ファイルが存在するか確認します。

cd ~/workspace/practice
cat testfile.txt

スペースを含むファイル名を扱う

ファイル名にスペースが含まれる場合は、ファイル名全体を引用符で囲みます。

cd ~/workspace/practice
touch "my data.txt"
ls

# 正しい方法
cat "my data.txt"

# 間違った方法
cat my data.txt  # これはエラーになる

cat my data.txtのように引用符を付けない場合、myとdata.txtを別々の引数として解釈するためエラーになります。

ツールによっては、スペースを含むファイル名を扱えない場合があるので、 最初から空白をファイル名として使わないことが望ましいです。

隠しファイルを表示する

.で始まるファイルは通常のlsでは表示されません。ls -aで表示できます。

ls -a

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