Claude CodeでPython演習

1. 作業フォルダを準備

mkdir -p 08_python
cd 08_python

2. AI Agentとは

AI Agentは、依頼された目的に合わせてファイルを読み、コードの作成やコマンドの実行を進めるAIツールです。会話で回答するだけでなく、ターミナルやファイルを操作できる点が一般的なチャットAIと異なります。

CodexとClaude Code

CodexはOpenAI、Claude CodeはAnthropicが提供するAI Agentです。どちらもターミナルから使えます。この演習ではClaude Codeを使います。

3. Claude Codeを起動する

作業フォルダにいる状態で、次のコマンドを実行します。

claude

Claude Codeが起動したら、依頼文を入力できる状態になります。

4. Claude Codeに依頼する

次のように、目的・入力ファイル・出力形式を具体的に伝えます。

QIIME 2の解析結果からサンプル別のリード数を集計し、結果をTSVと棒グラフで保存するPythonスクリプトを作成してください。
入力ファイル、出力ファイル、実行方法を明示し、pandasとmatplotlibを使ってください。

5. 説明を読んで必要な操作を行う

• Claude Codeの説明を最初に読む
• AI Agentが実行した操作と、まだ実行していない操作を確認する
• AI Agentが全ての操作を実行してくれるわけではないため、人間は何をすればよいのかを説明から確認する
• 分からなければ、「次に人間が行う操作を、1つずつ説明してください」とClaude Codeに質問する
• 入力ファイルのパス、データの列名、出力ファイル名と保存先を確認する
• 実行が必要なコマンドは、処理内容を確認してから自分で実行する
• エラーが出たら、エラーメッセージの全文をClaude Codeに伝える

6. 演習課題

課題A：サンプル別リード数

DADA2の結果を使い、サンプルごとのリード数を棒グラフに。

課題B：taxonomyの集計

taxonomyのTSVを読み込み、指定した分類階級（例：PhylumまたはGenus）ごとの件数を集計。