QIIME 2のインストール

QIIME 2関連URL

• QIIME 2 Top
• ドキュメント
• インストール

インストール

1. インストールページにアクセス

QIIME 2 AmpliconのInstallページ を開き、Using conda をクリックします。

2. condaでのインストール方法を選択

2026.1 を選択し、Using Conda > Install the base distribution’s conda environment > Linux / Windows WSL の順に選びます。

3. インストール

次のコマンドをターミナルで実行します。

conda env create \
  --name qiime2-2026.1 \
  --file https://raw.githubusercontent.com/qiime2/distributions/refs/heads/dev/2026.1/amplicon/released/qiime2-amplicon-ubuntu-latest-conda.yml

途中で Proceed ([y]/n)? と聞かれた場合は、y を入力して進めます。環境作成には数分かかる場合があります。

conda環境の有効化

有効化前はqiimeコマンドを使えません。まず、その状態を確認します。

qiime --help

まず、環境名を確認します。

conda env list

# conda environments:
#
base                 * /home/r8user/miniforge3
qiime2-2026.1          /home/r8user/miniforge3/envs/qiime2-2026.1

qiime2-2026.1 を確認し、次のコマンドで有効化します。

conda activate qiime2-2026.1

これでQIIME 2環境が有効化され、qiime コマンドが使えるようになります。

qiime --help

manifest作成ツールを追加

次章で使うseqfuは、指定したQIIME 2環境に含まれていません。環境を有効化したまま、初回だけ追加します。

conda install -c bioconda seqfu

Proceed ([y]/n)?と表示されたらyを入力します。