QIIME 2関連URL
インストール
1. インストールページにアクセス
QIIME 2 AmpliconのInstallページ を開き、Using conda をクリックします。
2. condaでのインストール方法を選択
2026.1 を選択し、Using Conda > Install the base distribution’s conda environment > Linux / Windows WSL の順に選びます。
3. インストール
次のコマンドをターミナルで実行します。
conda env create \
--name qiime2-2026.1 \
--file https://raw.githubusercontent.com/qiime2/distributions/refs/heads/dev/2026.1/amplicon/released/qiime2-amplicon-ubuntu-latest-conda.yml途中で Proceed ([y]/n)? と聞かれた場合は、y を入力して進めます。環境作成には数分かかる場合があります。
conda環境の有効化
有効化前はqiimeコマンドを使えません。まず、その状態を確認します。
qiime --helpまず、環境名を確認します。
conda env list# conda environments:
#
base * /home/r8user/miniforge3
qiime2-2026.1 /home/r8user/miniforge3/envs/qiime2-2026.1qiime2-2026.1 を確認し、次のコマンドで有効化します。
conda activate qiime2-2026.1これでQIIME 2環境が有効化され、qiime コマンドが使えるようになります。
qiime --helpmanifest作成ツールを追加
次章で使うseqfuは、指定したQIIME 2環境に含まれていません。環境を有効化したまま、初回だけ追加します。
conda install -c bioconda seqfuProceed ([y]/n)?と表示されたらyを入力します。
仮想環境とは
仮想環境は、特定のソフトウェアとそのバージョンを1つのフォルダにまとめ、ほかの環境から分けて管理する仕組みです。condaの公式ドキュメントでは、conda環境を「インストールしたパッケージの特定の組み合わせを含むディレクトリ」と説明しています。[1]
仮想環境は、作業ごとに用意する専用の道具箱と考えると分かりやすくなります。
base環境：condaを動かすための基本の道具箱qiime2-2026.1環境：QIIME 2 2026.1と解析に必要なパッケージを入れた道具箱conda activate qiime2-2026.1：使う道具箱をqiime2-2026.1へ切り替える操作
ある仮想環境でパッケージを追加・更新しても、別の仮想環境には影響しません。そのため、QIIME 2が必要とするソフトウェアの組み合わせを保ちながら、ほかの解析環境と共存できます。
この図では、root environment（現在のbase環境に相当）とは別に、異なるPythonとパッケージを持つ環境を複数作れることを示しています。[2] 図の出典はGeoHackWeekで、CC BY 4.0に基づいて掲載しています。[3]
仮想環境は、パソコンの中に別のOSを起動する仕組みではありません。OSごと分離する仮想マシンとは異なります。現在のLinux環境の中で、優先して使うコマンドとパッケージの保存場所を切り替えます。
Sources
[1] https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/concepts/environments.html — Environments — conda documentation [2] https://geohackweek.github.io/datasharing/01-conda-tutorial — Introduction to Conda — GeoHackWeek [3] https://geohackweek.github.io/datasharing/license — Licenses — GeoHackWeek